Вот здесь написано, как это найти:
http://producthelp.sdl.com/sdl%20trados ... mation.htmAdd as a new translation - это если не выставлена галочка Allow multiple translations (по умолчанию при создании проекта она не стоит), а вам нужно в редких случаях внести в ТМ другой перевод той же фразы. Если же Allow multiple translations отмечено галочкой, то все переводы будут записываться как новые независимо от этой команды Add as a new translation.
Вообще там куча галочек, которые друг друга дублируют. Мне мало понятно, зачем ставить галочку на Update в списке памятей и отдельно еще ставить галочку в этом вот Options Dialog Box > Editor > Automation.
Что касается второй памяти, это надо проверить в папке, в которой организовался проект. Папка должна называться tm. Если проект был создан в режиме Prepare, то в этой папке будет ТМ, в которую записывается перевод текущего проекта. При этом перевод не записывается в вашу основную ТМ (пока не нажмешь Finalize), которая может лежать в другой какой-то вашей папке, где вы храните памяти, а не в той, которую создает Традос при организации проекта. В 2009 версии по умолчанию стоял режим Prepare (то есть по умолчанию создавалась такая мелкая память). В 2014 по умолчанию уже поставили Prepare without project TM. А вот какой режим по умолчанию стоит в 2011 - не помню... Одним словом, посмотрите, есть ли в папке проекта папка tm.